財務省のWebサイトに掲載されている情報によりますと、昨年12月24日に平成28年度税制改正の大綱が閣議決定され、その中で（１）申告等の主たる手続と併せて提出され、又は申告等の後に関連して提出されると考えられる書類（２）税務署長等には提出されない書類であって提出者等の個人番号の記載を要しないこととした場合であっても所得把握の適正化・効率化を損なわないと考えられる書類については、提出者等の個人番号の記載を要しないこととする見直しを行うこととされたとのことです。

この見直しにより、具体的に番号の記載を要しないこととする書類（案）を同Webサイトに掲載しています。

気になるところでは、「保険料控除申告書兼配偶者特別控除申告書」へのマイナンバー記載が中止になるようです。そのほか、財形関係の書類も最初の申告書以外はほとんど記載なしになっているようです。少し長いリストになりますが、自社で取り扱っている書類がリストの中に含まれていないかチェックしてみることをおススメします。

正式発表は法令改正後ということですので、もう少し後になるようですが、ほぼ既成事実と考えてよさそうです。

http://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2016/seirei/mynumber.htm

（私のコメント）
確かに、保険料控除申告書兼配偶者特別控除申告書は、扶養控除等申告書と一緒に運用されているものですので、マイナンバー記載しなくてもいいのになと思っていました。政府の方でも合理的に考えてくれているようですね。